"Не все йогурты одинаково полезны". По механике и сути LW2 и WotC+TLP - это разные игры. Собственно, как и по челленджу.
Никто не мешает установить LW2 для ванильного XCOM2, а WotC (тоже с модами) использовать отдельно. Главное, не забывать выключать\включать нужные моды. Лично я просто переименовываю у себя папки Mods в каталогах ваниллы и WotC, чтобы задействовать то, или другое в зависимости от того, во что буду играть. Так проще, не нужно заниматься сортировкой. Допустим, захотел поиграть в LW2 - папка Mods так и будет называться, а папка Mods из каталога WotC переименовываю в, скажем, Mods_WotC. Ну, а если не нравится такой способ, в конце концов, существует альтернативный steam-лаунчер.