После (вероятного) уничтожения непосредственной верхушки лунатиков и самой башни, передающей сигнал - большинство солдат-мутантов адвента дезориентированы, ибо больше не получают приказов через пси-сеть напрямую в свои вживленные чипы. БОльшая часть таких измененных гуманоидов выражает желание встать на путь искупления и вступит в ряды XCOM, либо в организации ныне бывшего сопротивления. Производятся обязательные операции по "расчипированию" (от греха подальше) таких "покаявшихся" бывших солдат адвента. Кто-то из них погибнет в самом начале по причине мести со стороны разъяренных граждан, кто-то умрет во время операций по извлечению чипов. "Расчипированные" солдаты под управлением XCOM, либо под управлением местных органов власти от Сопротивления обеспечивают охрану городов и местного населения от остатков взбесившихся сектоидов, криссалидов, мутонов и прочей импортированной на Землю инопланетной шушеры. Так же участвуют в строительстве и в восстановлении всего того, то разрушили до этого, выполняя волю прошлых хозяев. Несмотря на любые положительные поступки в любой сфере - все равно презираются большинством негеномодифицированных граждан. Бетос и ее "Защитники" (Скирмишеры) стараются любыми способами помирить "расчипированных" с мирным населением. Часть "раскаявшихся" с охотой идет в гвардию Бетос.
Некоторое количество освобожденных "мор-балатенов" занимаются разбоем, убийством местного населения или организацией тайных баз. После освобождения до сих пор хранят верность бывшим хозяевам и ждут их возможного возвращения.
С уничтожением инопланетных правителей начинают поступать сообщения в штаб XCOM о выходе на контакт с организацией бывших злейших врагов человечества - форм жизни, которых на Земле не было до вторжения. Учащаются случаи вступления в переговоры со змеями, зелеными громилами и сектоидами. В спешке разрабатывается способ найти общий язык с представителями этих видов, которые уже начинают основывать свои сообщества и поселения вдали от людских городов. Зафиксированы как случаи бартера между местными жителями и лунатиками, так и случаи грабежа и убийства со стороны как лунатиков, так и со стороны разбушевавшихся ветеранов сопротивления, уничтожающих выживших представителей внеземных цивилизаций.
XCOM способствует резкому укреплению бывшего Сопротивления по всему Земному шару, начинаются стройки баз на всех континентах, строительство и восстановление жилой инфраструктуры, заводов, военных баз, аэродромов. На всех континентах и в каждом городе начинается назначение на руководящие посты лидеров, верных верхушке Сопротивления. Ударными темпами форсируется строительство конструкторских бюро и исследовательских институтов по изучению и освоению любой инопланетной технологии, оставшихся от инопланетных хозяев. Разрушенные страны начинают постепенно восстанавливать то, что стерли с лица Земли инопланетные захватчики.
Командор до сих пор находится в коме...
